La lógica de negocio o business logic consiste en todo el código que escribes para tu aplicación y que no está relacionado con el propio framework (controladores, rutas, etc.) Las clases del dominio, las entidades de Doctrine y las clases PHP normales y corrientes son buenos ejemplos de lo que es la lógica de negocio de una aplicación Symfony.
En la mayoría de tus proyectos, deberías almacenar toda tu lógica de negocio dentro del bundle AppBundle. Para organizar mejor tu código puedes crear todos los directorios que necesites:
symfony2-project/ ├─ app/ ├─ src/ │ └─ AppBundle/ │ └─ Utils/ │ └─ MyClass.php ├─ vendor/ └─ web/