Como las rejillas de Bootstrap tienen cuatro puntos de ruptura en los que las columnas se reordenan, es casi seguro que te vas a encontrar con problemas cuando las columnas tengan diferente altura. Para solucionarlo, utiliza la clase .clearfix combinándola con alguna de las clases auxiliares tipo .visible-xs:
<div class="row">
<div class="col-xs-6 col-sm-3">.col-xs-6 .col-sm-3</div>
<div class="col-xs-6 col-sm-3">.col-xs-6 .col-sm-3</div>
<!-- La clase 'clearfix' sólo se aplica cuando el dispositivo sea
muy pequeño, tal y como indica la clase 'visible-xs' -->
<div class="clearfix visible-xs"></div>
<div class="col-xs-6 col-sm-3">.col-xs-6 .col-sm-3</div>
<div class="col-xs-6 col-sm-3">.col-xs-6 .col-sm-3</div>
</div>También es posible que en ocasiones necesites resetear los desplazamientos de las columnas. Las clases que resetean estos valores sólo están disponibles para los dispositivos medianos y grandes, que los desplazamientos sólo funcionan en esos dispositivos.
<div class="row">
<div class="col-sm-5 col-md-6">.col-sm-5 .col-md-6</div>
<div class="col-sm-5 col-sm-offset-2 col-md-6 col-md-offset-0">.col-sm-5 .col-sm-offset-2 .col-md-6 .col-md-offset-0</div>
</div>
<div class="row">
<div class="col-sm-6 col-md-5 col-lg-6">.col-sm-6 .col-md-5 .col-lg-6</div>
<div class="col-sm-6 col-md-5 col-md-offset-2 col-lg-6 col-lg-offset-0">.col-sm-6 .col-md-5 .col-md-offset-2 .col-lg-6 .col-lg-offset-0</div>
</div>